Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 89/KMK.01/2017 tentang Penetapan Atasan PPID Kementerian Keuangan, Atasan PPID Tingkat I, PPID Kementerian Keuangan, dan Perangkat PPID Kementerian Keuangan telah ditetapkan atasan PPID di Lingkungan Direktorat Jenderal Bea dan Cukai sebagai unit Eselon I Kementerian Keuangan yang memiliki beberapa unit vertikal sebagai berikut :
| No. | Jabatan Struktural | Jabatan dalam Pengelolaan Informasi dan Dokumentasi |
| 1. | Direktur Jenderal | Atasan PPID Tingkat I |
| 2. | Direktur Kepabeanan Internasional dan Antar Lembaga | PPID Tingkat I |
| 3. | Para Kepala Kantor Wilayah / Kepala Kantor Pelayanan Utama | PPID Tingkat II |
| 4. | Para Kepala KPPBC / Kepala BPIB / Kepala Pangkalan Sarana Operasi | PPID Tingkat III |