Kanwil DJBC Khusus Kepulauan Riau mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, bimbingan teknis, pengendalian, evaluasi dan pelaksanaan tugas di bidang kepabeanan dan cukai di Wilayah Kepulauan Riau berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, Kantor Wilayah DJBC Khusus Kepulauan Riau menyelenggarakan fungsi :

  1. Pengendalian dan evaluasi pelaksanaan peraturan perundang-undangan kepabeanan dan cukai;
  2. Pengendalian, evaluasi pelaksanaan dan pemberian perijinan, pembebasan, keringanan, dan penangguhan di bidang kepabeanan serta pemberian fasilitas di bidang cukai;
  3. Pengendalian, evaluasi, dan pelaksanaan intelijen, patroli dan operasi pencegahan pelanggaran peraturan perundang-undangan, penindakan, dan penyidikan tindak pidana di bidang kepabeanan dan cukai;
  4. Pemberian bimbingan teknis, pengawasan, dan penyelesaian masalah di bidang kepabeanan dan cukai unit-unit operasional di daerah wewenangnya;
  5. Pelaksanaan verifikasi dokumen dan audit di bidang kepabeanan dan cukai;
  6. Pengendalian dan pemantauan serta menindaklanjuti hasil penindakan dan penyidikan tindak pidana di bidang kepabeanan dan cukai;
  7. Pengendalian dan pengelolaan sarana operasional dan senjata api;
  8. Pelaksanaan pengawasan teknis atas Pelayanan serta Pengawasan kepabeanan dan cukai;
  9. Pelaksanaan administrasi Kantor Wilayah.