Kanwil DJBC Khusus Kepulauan Riau mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, bimbingan teknis, pengendalian, evaluasi dan pelaksanaan tugas di bidang kepabeanan dan cukai di Wilayah Kepulauan Riau berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Dalam melaksanakan tugas tersebut, Kantor Wilayah DJBC Khusus Kepulauan Riau menyelenggarakan fungsi :
- Pengendalian dan evaluasi pelaksanaan peraturan perundang-undangan kepabeanan dan cukai;
- Pengendalian, evaluasi pelaksanaan dan pemberian perijinan, pembebasan, keringanan, dan penangguhan di bidang kepabeanan serta pemberian fasilitas di bidang cukai;
- Pengendalian, evaluasi, dan pelaksanaan intelijen, patroli dan operasi pencegahan pelanggaran peraturan perundang-undangan, penindakan, dan penyidikan tindak pidana di bidang kepabeanan dan cukai;
- Pemberian bimbingan teknis, pengawasan, dan penyelesaian masalah di bidang kepabeanan dan cukai unit-unit operasional di daerah wewenangnya;
- Pelaksanaan verifikasi dokumen dan audit di bidang kepabeanan dan cukai;
- Pengendalian dan pemantauan serta menindaklanjuti hasil penindakan dan penyidikan tindak pidana di bidang kepabeanan dan cukai;
- Pengendalian dan pengelolaan sarana operasional dan senjata api;
- Pelaksanaan pengawasan teknis atas Pelayanan serta Pengawasan kepabeanan dan cukai;
- Pelaksanaan administrasi Kantor Wilayah.